พ.ศ. 2452 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยุบเมืองเขมราฐ ลงเป็นอำเภออุทัยเขมราฐ ยุบอำเภอคำเขื่อนแก้วลงเป็นตำบลคำเขื่อนแก้ว และยุบอำเภอปจิมเขมราฐรวมกับอำเภออุทัยเขมราฐ ส่วนอำเภอที่อยู่ในเขตการปกครองเมืองเขมราฐเดิมนั้น ให้มารวมอยู่ในเขตการปกครองของเมืองยะโสธร รวม 6 อำเภอ ได้แก่

• อำเภออุทัยยะโสธร มีท้าวสิทธิกุมาร (ทุม) เป็นนายอำเภอ
• อำเภอปจิมยะโสธร มีท้าวอุเทนวงษา (เขียน) เป็นนายอำเภอ
• อำเภออุทัยเขมราฐ มีหลวงเขมรัฐการอุตส่าห์ (แสง) เป็นนายอำเภอ
• อำเภออำนาจเจริญ มีราชวงศ์ (ซาว) เป็นนายอำเภอ
• อำเภอโขงเจียม มีท้าวบุญธิสาร (คำบ่อ) เป็นนายอำเภอ
• อำเภอวารินทร์ชำราบ มีอุปราช (บุญ) เป็นนายอำเภอ

พ.ศ. 2454 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยุบอำเภอวารินทร์ชำราบ เมืองยะโสธร บริเวณอุบลราชธานี โดยให้ท้องที่ตำบลต่าง ๆ ของอำเภอวารินทร์ชำราบนั้น ไปรวมกับอำเภอพิมูลมังษาหาร และตำบลอีกส่วนหนึ่งไปรวมกับอำเภอบูรพูปลนิคม (อำเภอเมืองอุบลราชธานี)

เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2455 พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงอดิศรอุดมเดช ผู้บัญชาการกองพลที่ 10 เสด็จขึ้นมาตรวจราชการที่เมืองยะโสธร และปีนี้ พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แยกมณฑลอีสาน เป็น 2 มณฑล คือ มณฑลอุบลราชธานี และมณฑลร้อยเอ็ด โดยกำหนดให้มณฑลอุบลราชธานี มี 3 จังหวัด คือ จังหวัดอุบลราชธานี จังหวัดขุขันธ์ และจังหวัดสุรินทร์ จึงทำให้เมืองยะโสธรก็ถูกยุบลงเป็น 2 อำเภอ ได้แก่ อำเภอปจิมยโสธร และอำเภออุทัยยะโสธร ส่งผลให้อำเภอต่าง ๆ ที่เคยขึ้นกับเมืองยะโสธร ถูกโอนย้ายให้อยู่ในเขตการปกครองของจังหวัดอุบลราชธานีตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา

พ.ศ. 2456 กระทรวงมหาดไทยได้ดำเนินการเปลี่ยนชื่ออำเภอในจังหวัดอุบลราชธานีให้เหมาะสม การนี้จึงได้เปลี่ยนชื่ออำเภออุไทยยะโสธร เป็นอำเภอคำเขื่อนแก้ว และอำเภอปจิมยะโสธร เป็นอำเภอยะโสธร